Bakkehavn gård har kort historie sammenlignet med de andre gårdene lokalisert i Østensjøområdet Miljøpark. Eiendommen tilhørte den sørlige del av Abildsø gård, med gårdsnummer 160, bnr. 1, helt til delingen av gården i 1875. Da kjøpte grosserer og godseier H.C.Mathiesen på Linderud av Wetlesens på Abildsø, den del av eiendommen som lå sør for Smedbergbekken, inklusive den såkalte Abildsøskogen i vest. Denne parsellen ble gitt bruksnr. 5 og etter at en gård ble bygget litt nord for Abildsø skole, kalt Søndre Abildsø. Gården ble revet på 1950-tallet for å gi plass til rekkehusene i Enebakkveien 248-254. Ved fradelingen i 1875 stod det en plass, Lopperud, litt vest for dagens bygning på Bakkehavn, rett ved Abildsø Bo- og rehabiliteringssenter. Navnet Bakkehavn dukket først opp helt på slutten av 1800-tallet.
Eiendommen Bakkehavn ble utskilt fra Søndre Abildsø i 1892 og gitt bruksnr. 10. Kjøper var Theodor Opsahl, medeier av Søndre Bogerud gård. I dokumentet fra skylddelingsforretningen ble den nye eiendommen kalt ”Parcellen Bakkehagen”. På parsellen stod det en plass, kalt Bakken. Det er mye som taler for at denne plassen ikke er identisk med Lopperud på vestsiden av Langerudbekken som var tomtegrensen. Den tradisjonelle versjon er at det er samme plassen som skiftet eller vekslet navn mellom Lopperud og Bakken. På motsatt side av veien lå Luserud, som senere fikk navnet Multehaug. Det var ikke uvanlig at husmannsplasser fikk et litt underlig eller ufint navn, som for eksempel ved frikjøp ble endret til et mer ”vanlig” navn. I en kontrakt tinglyst i 1876 nevnes det ”tjenestehestehold” trolig knyttet til plassen Bakken, noe som kan være opphavet til havnehagen – derav navnet Bakkehavn.
Olaf Larsen, fra Jørgensløkken, overtok eiendommen (brn. 10) som han kalte ”Bakkehagen”, fra sin tremenning Theodor Oppsal i skjøte datert 1897. Våningshus i sveitserstil, sidebygning, låve med fjøs og stall ble oppført av Olaf Larsen i 1897/1898. Stedet ble deretter kalt for ”Bakkehavna” som senere ble til ”Bakkehavn”. På kart fra 1915 er også varianten Bækkehavn benyttet, kanskje avledet av grensebekken vest for eiendommen. Olaf Larsens egentlige hensikt var å bygge et hus han kunne bruke om sommeren. Derfor skilte han ut en egen tomt med bruksnr. 12 bestemt for sommervillaen. Olaf Larsen var på det tidspunkt engasjert med boligspekulasjoner i Kristiania, en virksomhet som skal ha gitt god avkastning.
Olaf Larsen drev tidlig med produksjon av sjokolade hjemme på Jørgensløkken (på Oppsal) og var også ansatt på Bryn Chokoladefabrik (Brødrene Ottesen), etablert i 1879, i to år. I 1888 treffer han helt tilfeldig i Beverlia kolonialgrossist Fredrik Christensen på rugdejakt sammen med sin nevø Albert Hjort. De kommer i prat og det endte med at Christensen etablerte sjokoladefabrikk på Rodeløkka med Olaf Larsen som produksjonsansvarlig. Ikke minst var oppskriften på sjokolade viktig, for det var flere sjokoladefabrikker i Kristiania og konkurransen var hard. Navnet Freia ble bestemt på et møte med interessentene i det nye firmaet hjemme hos lensmann Hjort på Malerhaugen. Albert var barnebarn til lensmann Hjort. Far til Albert var på den tiden direktør på Rodeløkken Mek. Verksted, slik at dampkraft ble besørget derfra til den nye fabrikken.
Olaf Larsen ble verksmester på Freia Chokolade Fabrikk ved etableringen i 1889. I 1892 kom Fredrik Christensen i prat med sin kunde, kaffeagent Johan Throne Holst, som han etter hvert kom på kameratslig fot med. Han fikk tilbud om å kjøpe fabrikken fordi Christensen ikke oppnådde den tiltenkte avkastning. Og som han sa, Olaf Larsen kan du stole fullt på når det gjelder det tekniske. Tilbudet ble akseptert og trønderen Johan Throne Holst overtok kontrollen, dog for det meste med lånte midler. I 1894 ble en reorganisering gjennomført og Olaf Larsen tilbød Johan Throne Holst å gå inn med kapital han hadde opparbeidet gjennom sin boligspekulasjon. Fra 1894 ble han derfor medeier og avanserte til fabrikkbestyrer fram til Freia ble omdannet til aksjeselskap i 1898. Da trakk han seg ut og etablerte samme år A/S Olaf Larsen Chokoladefabrik, som i 1930 skiftet navn til Asola – AS pluss initialene O for Olaf og LA for Larsen. Olaf Larsen døde i 1920, 53 år gammel. Sønnen Orvar Larsen (1898-1965) overtok fabrikken etter sin far.
Svigerinnen til Olaf Larsen, Augusta Andresen, gift med Alf Andresen, hadde fire sønner og en datter. Den ene sønnen var operasanger Ivar F. Andresen (1896-1940) og det er initialene til operasangeren som ble varemerke: IFA-pastillen. I 1968 overtok Kiellands fabrikker ASOLA og i 1975 kjøpte Nidar opp Kiellands fabrikker, men IFA-pastillen ble med ved eierskiftene. På baksiden av dagens esker med IFA-pastiller uttaler operasanger seg om pastillens “fornemste egenskaper” datert Dresden 5. november 1930, året da sjokoladefabrikken skiftet navn.
Oppføringen av Bakkehavn fant sted rundt den tiden Olaf Larsen var medeier i Freia, etablerte egen sjokoladefabrikk og var engasjert i boligspekulasjoner som fikk en bråstopp med ”Kristianiakrakket” i 1899. Hva hans egentlige planer med gården var, bortsett fra sommervillaen, er usikkert, men det ble hans svoger, Dinius Soot Pedersen gift med Olaf Larsens søster Hanna Sofie, som kjøpte Bakkehavn i 1899. I sommervillaen eller våningshuset bodde de nye eierne, men Olaf Larsen var nok en hyppig gjest som kastet glans over det praktfulle huset.
Datter til Hanna Sofie og Dinius, Valborg, giftet seg med Rolf Kristian Holmsen fra Lofsrud og det ble disse som skulle drive gården videre. Bakkehavn ble i familien frem til Oslo kommune kjøpte gården i 1948. De tidligere eiere drev deretter videre som forpaktere. Den siste forpakter i familien var Johan Holmsen, sønn av Valborg og Rolf Kristian Holmsen. Rett etter 2. verdenskrig ble glassverandaene i hovedhuset bygd inn og huset fikk det utseende vi kjenner i dag.
I 1955 brant uthusbygningen ned, men hovedhus og sidebygning ble reddet. Storfeholdet opphørte rundt 1950, gris, høns og hest henimot 1968. I 1978 flyttet Holmsenfamilien fra hovedbygningen som deretter stod tom i 1 ½ år før kommunen benyttet hovedbygningen i forbindelse med innvandrere. De siste som bodde på gården fra Holmsenfamilien, i sidebygningen, flyttet først ut midt på 1980-tallet.
Midt på 1980-tallet flyttet Galleri Bakkehavn Gård inn, drevet av ildsjeler fra det kunstinteresserte miljø på Abildsø og Manglerud. I nær 15 år holdt de aktivt på med kunst og kultur. I denne perioden hadde også Tove Nilsen sin skrivestue på gården. Siste utstilling i Galleri Bakkehavn fant sted høsten 2000. I annen etasje flyttet Bakkehavn kvalifiseringssenter inn i 1998, men flyttet ut i 2010.
I 2001 var Havnehagan Friluftsbarnehage på plass i nyoppusset første etasje. Manglerud bydel overtok fra Oslo kommunale boligbedrift forvaltningsansvaret for Bakkehavn gård i 1998. Etter bydelsendringene i 2004 ble det Østensjø bydel som fikk forvalteransvaret. I 2002 ble Bakkehavn gård med omkringliggende arealer inkludert i Østensjøområdet Miljøpark.
Bakkehavntoppen er navnet på høyeste punkt på eiendommen, 143 meter over havet. Rett ved toppen er det registrert to gravrøyser fra jernalderen. Under krigen stod det fem tyskerbrakker, luftvernskyts og lyskaster på toppområdet. Frem til sent på 1940-tallet var det en tørrmurt dam på toppen som ble fylt igjen da boligfeltet på Lille Langerud ble utbygget.
Høsten 2007 og våren 2008 ble det bygget et 700 meter langt sauegjerde på området sør for bygningene. Lørdag 7. juni 2008 ble det sluppet fem søyer og 15 lam inn på enga. Det var et sommerbeiteprosjekt satt i verk av Østensjøvannets Venner med støtte fra Bydel Østensjø og Regionkontor Landbruk. Sauene kom fra en gård i Nittedal i regi av Beitepatruljen til Norges Vel. Sommerbeitet for sau fortsatte i 2009 og 2010. De to siste årene har det i en periode også beitet to hester fra samme gård som sauene. Noe av bakgrunnen for sauebeitet er at man på denne måten skal holde vegetasjonen nede, slik det var før dyreholdet opphørte for 40-50 år siden. Kulturlandskapet kan på denne måten holdes i hevd og virke historiefortellende for oss som bruker området.